O Decreto no 5.741/2006 organiza o Sistema Unificado de Atenção à Sanidade Agropecuária, incluindo ao longo de todo ciclo de vida dos produtos agropecuários o controle de atividades de saúde, sanidade, inspeção, fiscalização, educação, vigilância de animais, vegetais, insumos e de produtos de origem animal e vegetal. As atividades do sistema serão executadas pelas instâncias Central e Superior, Intermediária e Local. Segundo esse instrumento legal, compete às instâncias intermediárias do sistema a seguinte atividade:
- A vigilância agropecuária de portos, aeroportos e postos de fronteira internacionais.
- B vigilância agropecuária do trânsito interestadual de vegetais e animais.
- C manutenção do sistema de informações epidemiológicas.
- D representação do Brasil nos fóruns internacionais que tratam de defesa agropecuária.
- E fixação de normas referentes a campanhas de controle e de erradicação de pragas dos vegetais e doenças dos animais.