O Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal é formado por um órgão central, a Secretaria Federal de Controle Interno, e por órgãos setoriais. A organização e as competências dos órgãos do sistema são legalmente definidas. A atuação dos órgãos setoriais do sistema decorrente das disposições legais:
- A abrange órgãos da estrutura de assistência e previdência social
- B engloba órgãos e entidades da área econômica e de controle financeiro
- C está restrita a órgãos e entidades que operam fora do território nacional
- D está subordinada em caráter facultativo à orientação normativa do órgão central
- E está sujeita à supervisão técnica do órgão central do Sistema de Controle Interno.